1991-2000

1992
Cimber Air sælger sine 2 F28 til East-West Airlines i Australien. Der købes yderligere et ATR 42 fly.

1993
Cimber Air modtager ERA prisen "Airline of the Year".

Med udgangen af året ophører et 43 år gammelt samarbejde mellem Cimber Air, Sønderjyllands Amt og Sønderborg Kommune om driften af Sønderborg Lufthavn. Amt og kommune overtager koncessionen og faciliteterne, og Sønderborg Lufthavn skal fremover drives som offentlig virksomhed.
Cimber Air flytter samtidig ind i en ny administrationsbygning

1994
1. september overtager Jørgen Nielsen posten som administrerende direktør efter Hans Ingolf Nielsen.

1995
29. september ophører Danair efter 24 år med at eksistere, og de tre moderselskaber SAS, Maersk Air og Cimber Air skal fra 1. oktober 1995 konkurrere på dansk indenrigsflyvning.

30. september dør Ingolf L. Nielsen uventet og med ham er en epoke i Cimber Air slut.

1. oktober indleder Cimber Air i samarbejde med S.A.S. en ny æra i dansk indenrigsflyvning, og Cimber Air starter fra 1. november 95 beflyvningen af yderligere 3 indenrigsruter mellem København, Aalborg, Aarhus, Karup og Sønderborg.

1996
1. januar indleder SAS et tættere samarbejde med Lufthansa, og Cimber Air har dermed samarbejdsaftaler med to af de førende luftfartsselskaber SAS og Lufthansa i henholdsvis Skandinavien og Tyskland.

21. februar underskriver Cimber Air ordrer på 3 nye fly af typen ATR 42-500 med plads til 50 passagerer hos AI(R) Aero International (Regional) i Toulouse. Det første fly leveres i marts 1996, det andet i april 1996 og det sidste i februar 1997.

Disse fly er ikke kun hurtigere end ATR 42-300, men også mere komfortable og miljøvenlige. Cimber Air råder således med udgangen af 1996 over 9 ATR 42 fly, som dels i eget regi dels i samarbejde med Lufthansa betjener en lang række knudepunkter i Europa; Kiel, Bremen, Berlin, Nürnberg, Köln, Münster, København, Montpellier, Torino/Lyon og mange andre.

1997
I foråret overtager Cimber Air ruten København - Newcastle efter SAS.

1998
Passagertallet på Newcastle ruten udvikler sig desværre ikke som forventet, hvorfor ruten stoppes pr. 29. marts.

I samarbejde med Lufthansa og SAS påbegynder Cimber Air i foråret operation af ruten København – Berlin.

SAS køber i maj måned 26% af Cimber Air.

1999
I februar og marts modtages de 2 nye ATR 72-500, der begge indsættes på indenrigstrafikken i Danmark.

28. marts overtager Cimber Air stort set alle flyvninger på Karup-København ruten og 1. maj åbnes eget trafikkontor i Karup.

Cimber Air indleder forhandlinger med ATR i Toulouse om købet af det 3. ATR 72-500 fly til levering i oktober.

I april måned indgår Cimber Air i et endnu tættere samarbejde med Lufthansa og bliver "Team Lufthansa Partner". Samarbejdet omfatter 5 af Cimber Airs ATR 42 turboprop fly.

I oktober modtager Cimber Air det 3. ATR 72-500 fly fra fabrikken i Toulouse. Flyet sættes ind på ruten København - Berlin.

2000
17. juli modtager Cimber Air sit første regionale jetfly Canadair CRJ 200LR fra den canadiske flyproducent, Bombardier Aerospace Inc., og 23. august ankom fly nr. 2. Flyene opererer i dag i "Team Lufthansa" regi ud af Berlin til forskellige hovedbyer i Europa, som f.eks. Bruxelles og Paris.

4. og 5. august fejrer Cimber Air sit 50 års jubilæum. Begivenheden markeres med hhv. en reception og en stor fest i hangaren for medarbejdere, naboer, venner og forretningsforbindelser.